ENFANCE
Magnus est né il y a déjà plusieurs siècles de cela en Indonésie, d'une mère humaine et d'un père démon appelé Asmodée. C'est cette ascendance démoniaque qui a fait de lui un démon. Toutefois, sa mère n'était pas au courant de la véritable identité de son père et quand elle a remarqué les yeux de chats de Magnus, sa marque de sorcier, elle a préférée se suicider en comprenant le péché qu'elle avait commis. Le beau-père de Magnus n'a pas supporté cela et a commencé à formulé des reproches à l'encontre de Magnus. La fureur est monté en lui et a réveillé ses pouvoirs de sorcier, qu'il a laissé à l'encontre de son beau-père, créant son premier feu et tuant ce dernier. Devenu orphelin, Magnus a fui sa ville et sa vie, devant un sans-abri et a été ensuite recueilli par son vrai père : Asmodée. Ce dernier l'a entraîné à Edom, le monde des démons et a commencé à l'éduquer pour en faire son parfait reflet, un être démoniaque et aimant son statut de prince. Le reste d'éducation qu'il avait de son enfance a permis à Magnus de se rendre compte de l'homme qu'il devenait et il a fuit, revenant sur Terre.
AVANT LA SÉRIE
Magnus a passé depuis lors beaucoup de siècles sur Terre, se faisant beaucoup de relations et voyageant à travers le monde. Il a ainsi rencontré d'autres sorciers qui sont devenus ses alliés ou amis tels que : Tessa Gray, Ragnor Fell ou Catarina Ross. Mais il a également rencontré quelques ennemis tel que Lorenzo Rey. Il a toutefois acquis rapidement son titre de Grand Sorcier de Brooklyn, prenant en charge les sorciers et les aidant et écoutant de son mieux.
S'il a rencontré des sorciers, il a également rencontré bien d'autres créatures obscures à qui il s'est efforcé d'offrir un début de vie confortable. Il voulait que ses créatures ne vivent pas la même chose que lui quand il a rencontré son père, à savoir succomber à leurs côtés obscures. Il est resté particulièrement lié à quelques uns d'entre eux, dont Raphael Santiago qu'il considère comme son enfant, alors même qu'il est un vampire, et Camille Belcourt qui a été son amante pendant de nombreuses années, dans une relation légèrement empoisonné.
Toutefois, les créatures obscures ne vont pas sans les Shadowhunters. Il a ainsi rencontré plusieurs d'entre eux, les trouvant très hautain, particulièrement les Lightwood et les Herondale. Il a toutefois eu une relation privilégié avec Gideon Lightwood et William Herondale. Mais également avec James Carstairs, devenu plus tard Frère Zacharias de la cité des os.
Même si Magnus s'est toujours promis de rester loin des affaires des Shadowhunters, il se fit entraîner plusieurs fois à l'intérieur. La pire fois fut quand il accepta d'aider Jocelyn Fairchild à effacer les souvenirs de sa fille, Clary Fairchild, née Morgensten. C'est à partir de cet évènement que sa vie bascula.
PENDANT LA SÉRIE
La première fois que Magnus manque de rencontrer le groupe composé d'Isabelle, Jace, Clary et Alec, il se trouve au Pandemonium, en train de créer un portail pour permettre aux sorciers de se réfugier en sécurité. En effet, il a appris que les membres du Cercle commence à rechercher des sorciers et il cherche à protéger les siens. Il laisse toutefois à contre-coeur Dot derrière lui quand cette dernière refuse de le suivre.
Il croise ensuite réellement le groupe quand il sort malgré la quarantaine à une fête, Magnus n'étant pas lui même sans ces sorties. Il retrouve son "petit biscuit", alias Clary. Mais il rencontre également l'arrogance de Jace et labeauté d'Isabelle, qui porte sur elle le collier qu'il a offert à Camille. Il rencontre pour la première fois Alec, dont il tombe sous le charme, bien que ce dernier soit un Lightwood. Il apprend que le groupe veut récupérer les souvenirs de Clary et il les prévient qu'il les a confié à un démon. Il réalise le rituel pour les récupérer, toutefois ce dernier échoue, Alec n'arrivant pas à aller jusqu'au bout du sacrifice de souvenirs. Magnus le comprend mais la réaction d'Alec reste tout de même du rejet.
A la suite de cette situation, Magnus rencontre plusieurs fois le groupe, notamment quand Luke se fait blesser par un alpha et qu'il le soigne de son mieux. Il y a également la fois où Isabelle se fait accuser par l'Inquisitrice Herondale et qu'il est son défenseur, appréciant particulièrement la jeune femme. Tous ses évènements le rapproche également d'Alec, mais il finit par apprendre que ce dernier va se marier. Il lui laisse le choix, allant jusqu'à lui demander s'il est sur de lui. Et quand il se présente au mariage de Lydia et Alec, il échange son premier baiser avec ce dernier, voyant le mariage se faire annuler.
A côté de cela, la coupe mortelle est récupérée par Valentin, commençant une guerre qui s'annonce meurtrière. Jace rejoint Valentin pour protéger ses amis et Magnus voit sa jeune relation avec Alec devenir bancale avec la perte du parabataï de ce dernier. Quand Alec se met en danger de mort pour retrouver Jace avec l'activation de sa rune, Magnus tente de l'aider mais seul le retour de Jace le sauve réellement.
Les relations de Magnus avec le reste du groupe se renforce quand il organise la fête d'obtention des runes de Max. Il montre ses yeux de chat au reste du groupe, recevant diverses relations, toutefois il a toujours la désapprobation de Maryse, la mère des Lightwood. Durant cette fête, tous se retrouvent sous l'emprise d'un sortilège qui les fait halluciner et les poussent à tuer ou se suicider. Magnus sauve notamment Alec d'une chute de son balcon. Et la sorcière responsable de cela active une dette de sorcier qui met Clary en danger. Magnus les prévient que Clary doit accomplir la dette car il ne peut rien faire pour elle. Il continue à veiller sur le groupe, sans pouvoir agir plus.
La relation qu'il entretient avec Alec se fragilise à cause de la relation entre Izzy et Raphael qui est centrée sur les morsures du vampire. Alec soutenant sa soeur et en voulant à Raphael, alors que Magnus se retrouve partagé, Raphael étant son fils de coeur. Ce qui améliore sa relation avec Alec, c'est l'utilisation de l'épée mortelle qui tue toutes les créatures obscures de l'Enclave, en dehors de Simon. Magnus n'étant pas à l'intérieur, il se fait épargner. Toutefois, Alec ayant eu peur pour lui, il démontre ses émotions en public et la relation Malec reprend de nouveau.
La prochaine chose qui fragilise Magnus, c'est la capture de Valentin et l'apparition d'un Démon supérieur qui échange son âme et celle de Valentin. Ainsi, Magnus subit une rune d'agonie qui va réveiller de nombreux souvenirs en lui, notamment car il la subit longtemps avant d'être cru. Ainsi, il revivra le meurtre de son beau-père, ce qui le torturera un long moment. Paradoxalement, cela le rapprochera d'Alec quand il lui parlera de son passé.
Un conseil se crée ensuite entre les créatures obscures et les représentants de l'Institut de New York. Alec représente les shadowhunters, Magnus les sorciers, Luke les loups, Meliorn les fées et Raphael les vampires. Ce conseil se réunit plusieurs fois et commencent à réellement fonctionner quand Magnus finit par apprendre qu'Alec leur a menti. L'épée mortelle a disparu depuis la capture de Valentin, hors elle est capable de tuer toutes les créatures obscures. La relation Malec ne se relève pas de cela et Magnus, blessé, accepte que la reine des fées représente l'ensemble des créatures obscures au Conseil. Mais c'est également cette décision qui provoquera un effet boule de neige. En effet, quand les shadowhunters demandent de l'aide pour arrêter Valentin, la reine refuse mais Magnus et Catarina posent un sortilège qui empêche Valentin de sortir de New York. Toutefois, la reine des fées les trahit et aide Valentin. C'est cette trahison qui aura des conséquences.
Valentin ayant réunit les trois instruments, invoque l'Ange Raziel. Magnus étant présent avec Alec et Izzy à l'Institut, il assiste à l'agonie d'Alec qui perd sa rune de parabatai. Ce qu'ils ne savent pas encore, c'est que Jace est mort puis revenu à la vie grâce à l'utilisation du souhait de Raziel. La fête de la victoire ayant lieu après lui permet de renouer le contact avec Alec et ils sont de nouveau ensemble.
Par la suite, la trahison de la reine des fées a pour conséquence sa destitution en tant que Grand Sorcier de Brooklyn, l'arrivée de Lorenzo Rey n'arrange pas les choses. Magnus redevient un simple sorcier et prend très mal cet état, même s'il tente de s'en cacher. La mort de Jace a également pour effet d'avoir créer le Hibou, un être qui obéit à Lilith, la reine des démons. Magnus est longtemps à la recherche du Hibou avant de comprendre avec les autres qui est sa véritable identité, malheureusement trop tard. En effet, il a fourni à Lilith un élixir qui a fait disparaître les sentiments de Jace pour Clary.
La vérité sur l'utilisation du vœu se fait et l'histoire se concentre sur comment sauver Clary et Jace. Magnus tente d'entrer dans la tête de Jace avec Izzy et Alec pour le sauver, mais ils n'y arrivent pas. Lilith vient chercher Jace et ce dernier est perdu pour eux. Cette fois, Magnus n'a plus le choix, il va à Edom, passer un marché avec son père afin de récupérer le sortilège qui lui manque pour faire en sorte que Jace ne soit plus possédé. Toutefois, le prix à payer est lourd, il doit donner sa magie à Asmodée. Magnus accepte, n'ayant pas d'autre choix et sachant qu'Alec ne survivra pas à la perte de Jace. Il arrive juste à temps pour lancer son dernier sortilège et empêcher Jace de tuer Magnus. Et alors qu'il envoie Jace vers son "petit biscuit", il apprend que cette dernière a disparu, tout comme le cadavre de Jonathan, alors que Lilith serait apparemment morte. Et lui, il doit maintenant s'habituer à être redevenu un simple terrestre avec le don de la double vue...